Le FRQS est dirigé par un conseil d’administration nommé par le gouvernement du Québec. Celui-ci est formé d'au plus 15 membres.
Le Fonds de recherche du Québec – Santé (FRQS) est un organisme à but non lucratif instauré par le Gouvernement du Québec et visant à promouvoir et à développer la recherche sur la santé (fondamentale, clinique, épidémiologique), la recherche en santé publique et la recherche sur les services de santé.
Avec le Fonds de recherche du Québec – Nature et technologies (FRQNT) et le Fonds de recherche du Québec - Société et culture (FRQSC), il constitue l'un des trois Fonds de recherche du Québec et est l'un des principaux organismes subventionnaires de la recherche universitaire au Québec. Il relève du Ministère l'Enseignement supérieur, de la Recherche et de la Science (MESRS). En 2016, le FRQS disposait d’un budget de 77 millions pour financer la recherche.